La BPI va-t-elle briser l'élan des régions qui sont d'ores et déjà très mobilisées en faveur des PME ? C'est la crainte de certains élus. Par exemple, les Pays de la Loire ont mis en place un partenariat avec des banques privées (voir texte principal) qui est susceptible de passer dans le champ d'intervention de la BPI ; la région est certes disposée à travailler dans le cadre de la BPI, mais à condition de conserver la maîtrise de ses initiatives en faveur des entreprises, et craint la mainmise d'un pouvoir centralisé. « Les octrois de prêts aux PME doivent se décider sur le terrain, affirme Simon Munsch. La proximité et la réactivité sont indispensables. »
Quant aux nombreuses critiques qui dénoncent le risque de clientélisme si le pouvoir est laissé aux régions au sein de la BPI, Simon Munsch les conteste : « Dans le dispositif que nous avons mis en place, ce sont les comités d'engagement des banques privées qui décident des dossiers à financer. Certes la région peut éventuellement refuser de compléter un prêt bancaire, mais cela est rarissime. De plus, la région ne peut en aucun cas imposer ses dossiers aux banques. C'est la crédibilité même de la région auprès de ses partenaires de la place financière qui est en jeu. Ceux qui mettent en avant cette crainte d'une forme de clientélisme connaissent bien mal la réalité du fonctionnement de ce type d'aide économique sur le terrain.»