Apostolos Thomadakis est depuis 2016 chercheur à l'European Capital Market Institute (ECMI), après avoir été chercheur-invité à la Banque de Lituanie et à la Banque nationale autrichienne. Il a occupé des postes universitaires à l'université de Warwick, à la London School of Economics, à l'université de Bath et à l'université du Surrey.