Emmanuelle Mourey débute en 1990 en tant qu’analyste crédit au Crédit Lyonnais. Entrée en 1992 chez PwC comme auditeur, elle exerce, de 1996 à 2002 en qualité de responsable de la consolidation et des contrôles de gestion pour le groupe CPR (filiale du Crédit Agricole). En 2003, elle rejoint JP Morgan France, devenant successivement directeur des contrôles de gestion, secrétaire générale et directeur financier. Elle assurait, depuis 2006, la supervision de la gouvernance, des risques et des contrôles, ainsi que la coordination des fonctions support. Elle était, à ce titre, membre du comité de direction de JP Morgan France.